Japanilaiset proteiinien kimppuun superkoneella
0
Japanin valtiollinen tutkimusinstituutti AIST on tilannut bioinformatiikan tutkimuskeskukselleen uuden järeän työkalun. IBM asentaa ensi helmikuussa keskukseen BlueGene/L-supertietokoneen, jonka huipputeho 22,8 teraflopsia ylittää 24-kertaisesti keskuksen tähänastisten palvelintenlaskentakapasiteetin. Japanilaiset bioinformatiikan asiantuntijat ottavat superkoneen proteiinien rakenteen ja käyttäytymisen tutkimuksessa käyttöönsä.
Kolmiulotteisesti proteiinien rakenteita mallintamalla tutkijat toivovat pääsevänsä parempaan ymmärrykseen sitä, miten eri lääkeaineet toimivat solutasolla sairastuneessa ihmiskehossa. Pitkän aikavälin tavoitteena on saavuttaa kerättyjen tietojen pohjalta läpimurtoja lääkekehityksessä.
AIST:n IBM BlueGene/L-laitteisto koostuu neljään laiteasennusräkkiin mahtuvasta supertietokoneesta. Uudenlaisen rakenteen ansiosta se tarvitsee vain yhden 16-osan siitä fyysisestä tilasta sekä vain kymmenyksen siitä sähköenergiasta, mitä tällä hetkellä vastaavaan suorituskykyyn yltävät kilpailevat laitteistot käyttävät.
Laskentateho tarpeen
"Eräs suurimpia haasteitamme on yhdistää geenirakenteiden selvittämisestä kerääntyneet tiedot halutunlaisten proteiinien kehitykseen ja lääkesuunnitteluun. Tähän työhön tarvittavien simulointien määrät ovat mahdollisia tehtäviksi vain supertietokoneiden avulla. BlueGene/L:n massiivinen laskentakapasiteetti tulee dramaattisesti nopeuttamaan työtämme", bioinformatiikan tutkimuskeskuksen johtaja tohtori Yataka Akiyama kehuu.
Jos Tokioon rakennettava laitteisto otettaisiin käyttöön jo nyt, sijoittuisi se kesäkuussa julkaistulla maailman nopeimpien supertietokoneiden Top500-listalla kolmanneksi. Tällä hetkellä listan kärkikymmenikössä on kaksi IBM:n BlueGene/L-sarjan prototyyppiä, neljäntenä ja kahdeksantena.
