Syöpätutkimuksen hilaverkossa jo 381 000 konetta
3
IBM on käynnistänyt kolmannet maailmanlaajuiset tietojenkäsittelytalkoot World Community Grid (WCG) -hilaverkossa, joka rakennettiin marraskuussa 2004 palvelemaan yleishumanitääristä tutkimuskäyttöä. Yrityksiä ja yksityishenkilöitä on liittynyt mukaan jo 381 000 tietokoneen edestä, ja näytönsäästäjältä yli jäävä luppoaika käytetään nyt syöpäsairauksien hoitokeinojen tutkimukseen. Kuka tahansa voi liittyä mukaan.
IBM:n ylläpitämä Wcg-verkko sekä siihen jo liittyneet yli 381 000 tietokonetta eri puolilta maailmaa muodostavat Help Defeat Cancer -hankkeessa virtuaalisen supertietokoneen, joka toimii suorituskykyisenä graafisena tutkimuslaboratoriona. Se osaa analysoida tarkoitusta varten kehitetyn sovelluksen avulla syövän kudosnäytteitä yhdessä päivässä saman määrän, jota tyypillisen tutkimuslaitoksen yksittäinen pc-kone käsittelisi noin 130 vuotta.
Wcg-verkko on aikaisemmin selvittänyt muun muassa ihmiskehossa tapahtuvan proteiinien laskostumisen syitä sekä etsinyt hiv-viruksen lisääntymistä soluissa hillitseviä lääkeainemolekyylejä.
Virtuaalinen superkone hyökkää syövän moninaisuuden kimppuun
Suuri haaste syöpäsairauksia taltuttavien hoitokeinojen kehittämiselle on erilaisten syöpätautien moninaisuus sekä niiden alalajien vaihtelevat käyttäytymis- ja ominaispiirteet. Syöpätautien ryhmään on luetteloitu kuuluvaksi jo yli 2 000 erilaista tautityyppiä, mutta jatkuvasti tutkijat sekä lääkärit kohtaavat vielä toistaiseksi luokittelemattomiakin alalajeja sairastavia potilaita.
Yksi nykyisistä syövän lääketieteellisistä tutkimusmenetelmistä hyödyntää tietokoneavusteista kudossiru- eli tma-tekniikkaa (Tissue Microarray). Siinä syöpäsolujen sairastuttamista kudoksista otetut näytteet digitalisoidaan ja järjestetään suureksi, jopa satoja tai tuhansia näytteitä sisältäväksi joukoksi. Tämän jälkeen näytejoukosta voidaan etsiä värjäys- ja värintunnistusalgoritmien avulla esimerkiksi täsmälääkityksen määrittämiselle olennaisia proteiineja sekä tutkia tilastollisin menetelmin niiden esiintymistä laajoissa potilasryhmissä.
Mukaan talkoisiin
IBM on järjestänyt hankkeen New Jerseyn yliopiston ja syöpäinstituutin kanssa. Help Defeat Cancer -hankkeeseen liitytään lataamalla IBM:n ylläpitämältä sivustolta ilmainen sovellus, joka aktivoi pc-koneissa tavallisesti näytönsäästäjälle pyhitetyn tyhjäkäyntiajan hyötykäyttöön.
Help Defeat Cancer -talkoisiin voi osallistua lataamalla oman käyttöjärjestelmänsä mukaan joko Windows-, Linux- tai Mac-pohjaisen ohjelmiston internet-osoitteesta. Sovellus hakee turvattua tiedonsiirtoväylää pitkin tutkimuspalvelimelta joukon kudosnäytteitä ja alkaa tutkia niitä koneen siirtyessä näytönsäästäjätilaan. Saatuaan tehtävän valmiiksi kone palauttaa tulokset palvelimelle ja hakee samalla uuden työerän.
